凌晨咳嗽通常是咳嗽变异性哮喘的表现，咳嗽变异性哮喘最主要的临床特征就是在夜间，或凌晨发生咳嗽，夜间或凌晨咳嗽是指向咳嗽变异性哮喘非常有利的证据。咳嗽变异性哮喘是特殊类型哮喘，是慢性气道炎症，以嗜酸粒细胞浸润为主。需要通过抗过敏治疗能缓解，需要吸入糖皮质激素的抗炎药物进行治疗，这种抗炎并不是抗感染性的炎症除了咳嗽变异性哮喘外，也有其它病会导致凌晨咳嗽，如心功能不全。心功能不全可以出现夜间咳嗽、呼吸困难，还可以出现粉红色泡沫痰症状，在疾病轻时也可以只出现咳嗽症状。除了这些外，咽炎、胃食管反流也可以出现。