膝盖腘窝囊肿的治疗如下：1、保守治疗：患者平时应适当减少活动，腘窝囊肿肿大时服用消炎药，如芬必得、扶他林，可改善症状；2、手术治疗：如果腘窝囊肿比较大，影响患者生活，或心理感觉不佳，可以做手术切除。可以通过前侧进入关节镜到达后侧，切除腘窝囊肿。另一种是切开手术，从腘窝后侧皮肤做切口，直接把囊肿切除。膝关节后侧叫做腘窝，如果此部位关节囊出现薄弱区，加上炎症、渗水、积液，可以把薄弱关节囊向后推压，形成关节液囊液的聚集区，是腘窝囊肿。腘窝囊肿形成后，如果比较小，患者可无症状，不需要做特殊处理。如果比较大，膝关节后侧可摸到肿包，通常不会有太多疼痛，但是下蹲会有障碍。