在性生活时小肚子会痛有可能是性生活刺激、盆腔炎症、盆腔肿瘤、子宫内膜异位症、肠道疾病、泌尿系统疾病导致，如下所示：1、性生活刺激：导致子宫平滑肌收缩，所以会疼痛，这种情况绝大部分休息之后会自行好转；2、盆腔炎症：导致盆腔组织充血、水肿，引起小肚子疼痛；3、盆腔肿瘤：所以在性生活时刺激，也会引起小肚子出现胀痛的现象；4、子宫内膜异位症：当盆腔内有子宫内膜异位症病灶时，性生活时会加重局部的充血，因此会引起小肚子疼痛；5、肠道疾病：跟性生活本身并没有关系，只是巧合出现了肚子痛、腹泻等症状；6、泌尿系统疾病：比如泌尿系的结石可能也会引起小肚子疼痛，常常会伴有肉眼血尿等临床症状。因此出现性生活小肚子疼痛建议去医院检查，如果已经排除是由于妇科疾病导致的肚子痛，建议请内科会诊或者外科会诊。