半夜醒来头疼可能与房间过于密闭、有毒害气体或者是心脑血管疾病、高血压等有关，具体内容如下：1、房间因素：半夜醒来头疼，需要检查自己所处的房间是否过度密闭，引发缺氧症状，造成头部缺氧，导致头疼。还要观察房间是否存在有害气体，比如一氧化碳中毒，引发头部缺氧，导致头疼；2、脑血管疾病：也可能是脑梗先兆，脑血管意外也会造成半夜醒来突然头疼；3、高血压、心脏病：在夜间突然发病，造成半夜醒来头疼。半夜头痛，如果发作比较剧烈或者有其他症状，比如恶心、呕吐等，需要尽快到医院就诊，明确诊断头疼的病因，避免病情延误。