跑步后引起头疼的原因比较复杂。部分是生理状况，部分是原有病理的基础上，出现运动过量、跑步的震动等引起刺激，造成头疼。具体如下：1、生理性：在跑步以后，由于在跑步过程中，心血管负担加重，四肢活动的过程中，血液流向四肢，尤其是流向腿部，头部可能是暂时出现缺血、缺氧状态。在大运动量跑步以后，头部会出现不适、暂时供血不足的现象，可以有头疼。跑步过程中交感神经兴奋，由于运动等刺激造成血压升高，也会引起头疼。还有在跑步过程中，消耗大量能量，没有及时补充，大脑处于缺乏能量的状态，也会头疼。对于生理状况，可以经过调解、缓解得到很快的纠正；2、病理性：在跑步以后，引起头部震动，比如原有​颈椎病、高血压、偏头疼等病史的患者，也会引起头疼。对于病理状况，应该及时就诊，防止出现意外，比如原有高血压在跑步后血压升高，除有头疼以外，还应该防止出现意外的情况。平时没有锻炼习惯的人应该避免剧烈的跑步运动，可以散步、打太极拳以及练瑜伽等轻柔动作，循序渐进锻炼身体，不应该进行跑步、爬山等剧烈运动，要注意防止出现意外。