三个月的宝宝如果睡觉不踏实，要针对病因采取不同的处理方法，具体如下：1、喂养不当：临床比较常见的是喂养不当、消化不良、积食所引起的腹胀、腹部不适、睡不踏实。要调整喂养时间，在宝宝两次喂养之间留出消化的时间，不要过于频繁。同时可以给宝宝适量口服肠道益生菌，来增强宝宝的消化功能；2、缺乏维生素D：宝宝睡觉不踏实，大多是缺乏维生素D和钙剂，导致体内缺乏钙元素，神经兴奋性增高就难以入睡，即使睡着了也睡不踏实，频繁醒来。所以要给宝宝补充维生素D，必要的时候还要补充钙剂，同时要多晒太阳，晒太阳能够合成天然的维生素D。